亡父の残した畑を相続したが、お隣との境界がわからないケース。

まず法務局などで地図、登記記録、地積測量図などの資料の調査をします。
それらの資料をもとに現地の測量を行ない、境界標の有無などを確認します。隣接の土地所有者の立ち会いのもと、境界の確認をおこない、境界標がない場合には新たに境界標を設置します。

境界について、隣接の土地所有者と合意ができたら測量図等の書類を作成することになりますが、これを境界確定測量といいます。

親から相続した土地を兄弟で分けたいケース。

一つの土地を複数の土地に分けるには分筆登記をすることになります。
しかし、分筆登記をするには、その土地の境界を確定させる必要があります。そのため境界が確定していない場合、分筆登記の前提として境界確定測量をすることになります。

法務局などの資料を調査し、現地の測量をして、隣接の土地所有者の立ち会いの上、境界標を設置し、境界を確定させます。

必要な場合は、地積更生登記を行います（登記記録の地積と、境界確定にて決まった地積が大幅に違う場合、分筆登記の前提として、地積を訂正する地積更正登記が必要になる場合があります。）。
そのうえで、土地を分ける位置を決めていただき、そこに境界標を設置します。

これらの測量の結果を、地積測量図として作成し、登記申請書を作成し、添付書類を付けて、登記所（法務局）に申請することになります。

農地や山林などの宅地以外の土地に家を建てたケース。

土地地目変更登記が必要となります。

地目とは、不動産登記法により登記所（法務局）の登記官が、その土地を判別し認定した土地の用途です。
土地には、主な用途によって、田、畑、宅地など２３種類に分類され、この土地の用途を変えるときには地目変更登記が必要となります。

農地や山林などに建物をたてた場合には、土地の用途を宅地へ変更したことによる地目変更登記をすることになります。
ただし、その土地が農地の場合には、別に地元の農業委員会への農地転用許可申請の手続きが必要になります。
また、土地の一部分に家を建てた場合には、その部分を宅地へ変更するために分筆登記が必要になる場合があります。